第二阶段，争冠组和保级组将根据排名进行跨轮两轮对决，各经过三轮淘汰赛广州恒大中超赛程，直至决出最终名次。
截至第13轮广州恒大中超赛程广州恒大中超赛程，对阵名单已确定：
冠军组：
A1（广州恒大*）vs B4（重庆或华夏）
A2（鲁能或苏宁）vs B3（重庆或华夏）
A3（鲁能或苏宁）vs B2（北京国安*）
A4（申花或深圳足协）vs B1（上海上港*）
降级组：
A5 vs B8（天津泰达*）
A6（广州富力*）vs B7（青岛黄海*）
A7（大连*） vs B6
A8（河南建业*）vs B5
第13轮过后积分榜：
争冠组8支球队已经锁定7个名额，剩下的一个在上海申花和深圳佳兆业之间：
大连赛区（广州恒大、山东鲁能、江苏苏宁）
苏州赛区（上海上港、北京国安、重庆当代、河北华夏）
第一阶段最后一轮：
第二阶段比赛将于10月16日进行，经过3轮6轮比赛后于11月12日结束。 争冠组比赛在苏州赛区进行，保级组比赛在大连赛区进行。
中超联赛第15名与中甲联赛第2名之间的中超预选赛附加赛也将于11月18日至22日在苏州赛区进行。
（卡尔）
