2001年5月27日，17岁68天的托雷斯在对阵莱加内斯的比赛中首次亮相，成为马竞历史上最年轻的出场球员。一周后，在他代表马竞出战的第二场比赛，对阵阿巴切特的比赛中，他不仅造成对方两名球员被罚下，还打进了自己代表马竞一线队的首粒进球，并在对阵莱加内斯的比赛中获得了首次首发机会。但赛后，马竞因净胜球差距而失去了升入甲级联赛的机会。2000-01赛季托雷斯 意甲进球，托雷斯只出场4次，却打进1球。
在西乙苦苦挣扎两年后，马竞在2002-03赛季重返西甲。此前，托雷斯在西班牙足球乙级联赛两个赛季共出场40次，打进7球。在球队升入西甲的2002-03赛季，年轻的托雷斯打进13球。
2003-04赛季，19岁的托雷斯在35场联赛中攻入19粒联赛进球，成为俱乐部最年轻的队长。马竞当赛季排名第七，落后于塞维利亚，而直接原因是马竞在两场比赛中2:1获胜、0:2告负，马竞失去了参加欧洲联盟杯的资格。托雷斯得以首次参加国际托托杯，但在决赛中，马竞点球不敌比利亚雷亚尔。托雷斯在欧战中出场5次，攻入2球。
托雷斯为马竞创造的纪录是：244场比赛91个进球。2007年7月4日22点，利物浦足球俱乐部召开新闻发布会，正式宣布以2200万英镑签下费尔南多·托雷斯。双方签订了一份为期6年的合同，周薪9万英镑，这是利物浦破纪录的收购。托雷斯的转会费为2650万英镑，其中2050万以现金支付，路易斯·加西亚以600万的筹码转会到马竞，打破了利物浦当年买入西塞（1400万英镑）的转会费纪录。托雷斯也创下了利物浦俱乐部的最高转会费纪录和西班牙球员的最高身价纪录。
2007年7月21日，托雷斯通过了利物浦的体检，并于22日签署了合同。22日上午，他在马德里的新闻发布会上向马竞球迷告别，下午飞往安菲尔德以利物浦球员的身份与媒体见面。在利物浦，托雷斯身披9号球衣。在利物浦的历史上，伊恩·拉什和罗比·福勒都曾穿过这个号码。
2007年7月19日，在瑞士进行的一场季前友谊赛中，利物浦3比2战胜不来梅。托雷斯首次代表利物浦出场，但至少错失了两次绝佳机会。8月4日，在荷兰鹿特丹进行的半决赛中，托雷斯在第13分钟攻入了自己代表利物浦的首粒进球，最终利物浦2比0战胜上海申花。
2007年8月11日托雷斯 意甲进球，英超首轮，利物浦做客维拉公园球场2：1战胜维拉。托雷斯首次亮相英超，出场79分钟，有19次触球、3次威胁传球、3次射门。8月19日，英超第三轮，利物浦在安菲尔德球场1：1战平切尔西。托雷斯在第16分钟接到杰拉德直传后攻入一球，这也是托雷斯的英超首粒进球。8月25日，英超第四轮，利物浦做客光明球场挑战升班马桑德兰，托雷斯在第86分钟助攻沃罗宁破门，收获英超首粒助攻。最终，利物浦2：0战胜桑德兰。9月1日，英超第五轮，利物浦在安菲尔德球场迎战升班马德比郡。 托雷斯分别在第56分钟和76分钟破门，首次在英超联赛中梅开二度。最终，利物浦6:0战胜德比郡。9月26日，英格兰联赛杯第三轮，利物浦在梅德斯基球场客场挑战雷丁。托雷斯在第49、72和86分钟连入三球，完成加盟利物浦后的第一个帽子戏法。最终，利物浦4:2战胜雷丁。
托雷斯代表利物浦的首个赛季便攻入24球，成为1995-96赛季福勒之后，第一个单赛季联赛进球超过20个的利物浦球员。
2008年2月23日，英超联赛第27轮，利物浦在安菲尔德球场迎战米德尔斯堡。托雷斯表现十分出色，在第28、29和61分钟分别攻入3球，完成英超联赛首个帽子戏法。最终，利物浦主场3：2战胜米德尔斯堡。2008年3月6日，2007-08赛季英超联赛第二轮补赛，利物浦4：0战胜西汉姆联。托雷斯再次上演帽子戏法，连续两场比赛上演帽子戏法。
2009年欧冠1/4决赛，托雷斯在第二回合比赛中打入一粒颇具争议的进球，最终利物浦两回合总比分5-0战胜皇马。
2008-09赛季，托雷斯各项赛事出场46次，打进33球。2010年，伤病让托雷斯在利物浦的出场次数逐渐减少。2009-10赛季，金童为利物浦出场21次，但依然贡献了18粒进球。
托雷斯为利物浦效力的纪录是：142场比赛81球。2011年1月31日，托雷斯转会切尔西，身披9号球衣，但他在第14场比赛中只打进一球，在雨中攻破了斯坦福桥球场西汉姆联的球门。这也是他在2010-11赛季为切尔西打进的唯一一粒进球。
经过一个夏天的恢复，托雷斯在2011-12赛季表现出色，尽管首轮对阵斯托克城的比赛中他没有进球。随后，在客场1-3战平曼联的比赛中，托雷斯攻入一球，最后时刻带球突破德赫亚却错失将球送入空门的机会。在随后5-0大胜亨克的欧冠比赛中，托雷斯梅开二度，但他在年底陷入进球荒。
2012年3月28日，托雷斯在欧冠1/4决赛对阵本菲卡的比赛中没有进球，但他为队友创造了机会，在客场对阵本菲卡的比赛中，他突破防守助攻卡劳打入关键一球。4月25日，欧冠半决赛第二回合，切尔西客场2-2战平巴塞罗那，从而以总比分3-2淘汰巴塞罗那。托雷斯为切尔西攻入扳平一球。4月29日，英超第36轮，切尔西对阵女王公园巡游者的比赛中，托雷斯完成切尔西首个帽子戏法，帮助切尔西6-1大胜巡游者。
2012年5月5日，切尔西在温布利大球场进行的2011-12赛季第131场足总杯决赛中对阵利物浦，托雷斯并未替补登场，但切尔西还是以2-1战胜利物浦，历史第七次夺得足总杯冠军，也是近六年来第四次夺冠。
2012年5月20日，2011-12赛季欧冠决赛在慕尼黑安联球场举行。托雷斯替补出场，在比赛结束前两分钟为切尔西赢得唯一角球。德罗巴利用这个角球头球扳平比分。经过点球大战，切尔西以总比分5-4战胜拜仁，历史上首次夺得欧冠冠军。
2012年8月12日，2012-13赛季英格兰社区盾杯在伯明翰维拉球场举行，切尔西2：3不敌曼城。托雷斯首开纪录，伊万诺维奇随后被罚下，曼城连进三球痛失冠军。托雷斯在随后对阵雷丁和纽卡斯尔的联赛中连续进球，并在切尔西客场2：1战胜阿森纳的比赛中为蓝军攻入首粒进球。
但随后，在切尔西主场2-3不敌曼联的比赛中，托雷斯因一记争议点球，在蓝军生涯中第二次被罚下。视频回放清晰显示他被埃文斯绊倒，但主裁判马克·克拉滕伯格却因假摔向他出示了第二张黄牌。此后，托雷斯在联赛中状态下滑，切尔西在欧冠小组赛中惨遭淘汰，只能参加欧联杯。
欧联杯赛场上，托雷斯助切尔西杀入决赛，淘汰赛每轮都有进球，并在决赛中打入一球，帮助切尔西夺冠。在切尔西3-1战胜布加勒斯特星队的欧联杯比赛中，托雷斯打入关键致胜一球，帮助切尔西以3-2的总比分晋级。随后他在1/4决赛首回合对阵喀山红宝石的比赛中梅开二度，次回合客场为切尔西首开纪录。半决赛第二回合，他为切尔西打入致胜一球。在切尔西战胜本菲卡的欧联杯决赛中，他为蓝军打破僵局。
2013年5月19日，英超联赛收官战，他在第76分钟的绝杀帮助球队2比1战胜埃弗顿，这也是托雷斯在2012-2013赛季的第22粒进球，并成为球队各项赛事的最佳射手。
2014年8月30日，AC米兰通过官方网站宣布，从切尔西租借前锋费尔南多·托雷斯两个赛季，托雷斯与切尔西的合同将在两个赛季后到期。
托雷斯共为切尔西出场172次，攻入46球，2014年8月29日，切尔西官方宣布托雷斯租借至AC米兰。
2014年9月21日，2014-15赛季意甲联赛第三轮，AC米兰0:1不敌尤文图斯，托雷斯在第76分钟替补出场，换下波利，完成自己AC米兰首秀。
2014年9月24日2时45分，2014-15赛季意甲联赛第4轮，AC米兰客场2:2战平升班马恩波利。托雷斯首次代表AC米兰首发，并攻入个人代表AC米兰首粒进球。第43分钟，阿巴特右路斜传，托雷斯在门前11米处头球破门托雷斯 意甲进球，皮球入远角。随后他助攻梅内兹打中横梁，这也是他在意甲联赛中的唯一进球。
2014年12月28日凌晨，切尔西在官网宣布托雷斯被AC米兰买断，与此同时AC米兰也在官网确认了这一消息。2014年12月29日下午，马德里竞技官方宣布托雷斯加盟球队，他将以租借形式为马竞效力至2016年，这也是昔日金童7年后首次重返卡尔德隆球场。
托雷斯正式亮相 万人空巷！4.5万人见证金童归来
2015年1月4日对于托雷斯、马竞以及马竞球迷来说都是一个特殊的日子，因为昔日马竞球星托雷斯终于在阔别家乡七年半之后回归，并在1月4日正式亮相。昔日英雄的归来仪式当然是死忠球迷们不能错过的。据《马卡报》报道，约4.5万名球迷来到卡尔德隆欢迎托雷斯的回归。
2015年1月16日凌晨3点（西班牙当地时间1月15日20点），2014/15赛季西班牙国王杯1/8第二轮一场焦点比赛在伯纳乌球场进行，皇家马德里主场2-2战平马德里竞技，托雷斯梅开二度，拉莫斯和C-罗纳尔多两度扳平比分，马德里竞技以总比分4-2晋级八强。
比赛开始仅48秒，马竞就取得领先。马里奥·苏亚雷斯直传，格列兹曼摆脱佩佩左路突入禁区传中，无人防守的托雷斯10码处射门入网，这是他回归马竞后的首粒进球。
托雷斯八年来首粒西甲进球助马竞获胜
2015年3月21日，西甲联赛第28轮，马德里竞技轻松取胜马德里地区德比，托雷斯时隔八年终于再次在西甲进球，帮助“波罗的海军团”主场2比0战胜赫塔菲，继续向联赛第三名发起强势冲击。
比赛第3分钟，科克主罚任意球，托雷斯禁区内大力头球破门，这是他回归马竞后的首粒联赛进球，托雷斯上一次在西甲联赛进球还是在2006/07赛季。
马德里竞技公布五月最佳球员，托伦斯本赛季首次获奖
马竞在官网宣布，凭借5月份的出色表现和球迷的支持，托雷斯荣获马竞5月月度最佳球员荣誉，这也是托雷斯重返马竞以来首次获此殊荣。
马竞新球衣模仿双冠赛季 托雷斯很高兴再次穿上9号球衣
2015年6月24日周三，马德里竞技队官方公布了2015-16赛季主场球衣。这套新球衣的设计与1995-96赛季马竞夺得双冠王的那套球衣相似。下赛季，托雷斯将取代已经转会尤文图斯的曼朱基奇，再次披上马竞9号球衣。
托雷斯 马德里竞技 100球
北京时间2016年2月6日晚23点，2015/2016赛季西甲联赛第23轮，马德里竞技主场迎战埃瓦尔。比赛中，马竞的萨乌尔回传失误丢球。随后马竞连续两次角球，两名中卫希门尼斯和萨乌尔连续头球破门。补时阶段替补出场的托雷斯锁定胜局，完成自己马竞生涯第100粒进球。
里程碑！托雷斯为马德里竞技队出场 300 次
北京时间2016年3月7日凌晨，西甲联赛，马竞客场3-1战胜瓦伦西亚。本场比赛是托雷斯代表马竞出战的第300场比赛，昔日金童用精彩的表现迎接这一时刻，本场比赛他打进一球，让对手从两张黄牌变成一张红牌。
