2016年，俱乐部以丽江嘉云浩足球俱乐部有限公司名义报名参加2016年中乙联赛，球队以“丽江飞虎队”的新名称进行注册。2016年中乙联赛半决赛，丽江飞虎队两回合总比分3:2战胜四川安纳普尔纳，进入该赛季中乙联赛决赛，并顺利取得2017年中甲联赛参赛资格。这也意味着重庆足球协会官网，自2003年云南红塔足球队被卖给重庆力帆以来，时隔13年，一支来自云南的球队终于重返国足舞台。[3]
2016年10月23日，中乙联赛决赛重庆足球协会官网，丽江飞虎主场2比0战胜同样升入中甲的保定容大，夺得云南足球历史上首个正式冠军。2017年1月9日，丽江嘉云浩足球俱乐部更名为“云南丽江足球俱乐部”，全名为“云南丽江足球俱乐部丽江飞虎足球队”。2017年10月21日重庆足球协会官网，中甲联赛第29轮，大连一方客场1比0战胜垫底的丽江飞虎，丽江飞虎提前降级。
2018年1月16日，中国足协官网发布《关于云南丽江足球俱乐部有限公司名称变更的公告》，俱乐部名称由云南丽江足球俱乐部丽江飞虎足球队变更为云南飞虎足球俱乐部，法定代表人为何荣耀。[4]
2019年2月26日，中国足协在官方网站发布公告称，因云南飞虎足球俱乐部申请退出2019年中国足协乙级联赛，被取消其参加2019年中国足协乙级联赛的资格。[5]
