A组最后一轮，主场作战的哥本哈根凭借勒拉盖尔第58分钟的制胜进球1-0击败加拉塔萨雷。同组的另一场比赛中，曼联主场0-1不敌拜仁。 6轮战罢，拜仁5胜1平积16分稳居榜首。哥本哈根2胜2平2负积8分排名小组第二。加拉塔萨雷本轮虽输球，但仍积5分力压曼联4分，获得欧联附加赛资格。
C组最后一轮08/09赛季欧冠16强曼联淘汰国米08/09赛季欧冠16强曼联淘汰国米，那不勒斯主场2-0击败布拉加，积10分锁定小组第二。布拉加积4分以小组第三身份参加欧联杯。同组另一场比赛，皇马3-2逆转柏林联合，六连胜积18分暂居榜首。柏林联合积2分垫底。
B组最后一轮，塞维利亚1-2不敌朗斯，积2分垫底。朗斯积8分获得小组第三，转战欧罗巴联赛。阿森纳1-1战平埃因霍温。积13分的阿森纳和积9分的埃因霍温联手从小组出线。
D组中，国际米兰0-0战平皇家社会。两队同积12分，但皇家社会获得小组第一，国际米兰排名小组第二。同组另一场比赛，萨尔茨堡红牛主场1-3。输给本菲卡后，两队末轮战罢同积4分。本菲卡击败萨尔茨堡红牛，获得欧联杯资格。
此后，欧冠16强已经产生了14个席位，分别是拜仁、哥本哈根、阿森纳、埃因霍温、皇马、那不勒斯、皇家社会、国米、马竞、拉齐奥、多特蒙德、曼城、莱比锡红牛和巴塞罗那。最后两个席位将从巴黎、纽卡斯尔、米兰、波尔图和顿涅茨克矿工这五支球队中选出。
而加拉塔萨雷、曼联、朗斯、塞维利亚、布拉加、柏林联合、萨尔茨堡、本菲卡、费耶诺德、凯尔特人、伯尔尼青年人、贝尔格莱德红星、安特卫普等13支球队已确定被淘汰08/09赛季欧冠16强曼联淘汰国米，曼联和塞维利亚连出线资格都没有参加欧洲联赛。
